Paolo Aquilanti dal 1985 al 1987 è Analista di organizzazione presso la Direzione generale di SIP/Telecom. Dal 1987 ha preso servizio al Senato come referendario parlamentare. Nel 1996 è stato promosso Consigliere Parlamentare come funzionario del Senato ha operato dapprima, per due anni, presso il Servizio Studi e quindi al Servizio delle Commissioni permanenti e speciali del Senato.

E’ stato responsabile dell’applicazione degli strumenti informatici alle attività delle commissioni del Senato. Per incarico del Segretario generale del senato ha coordinato il progetto di dematerializzazione degli atti parlamentari. Ha partecipato a un progetto di studio concernente l'uso dei media civici nell’ambito parlamentare. Ha coordinato la ricognizione e la selezione dei precedenti parlamentari per la elaborazione e l’aggiornamento di un massimario delle procedure di commissione, anche in formato digitale e ipertestuale.

Dal 13 aprile 2015 al 22 giugno 2018 è stato Segretario Generale della Presidenza del Consiglio dei Ministri. E’ stato nominato Capo del Dipartimento per i rapporti con il parlamento della Presidenza del Consiglio dei Ministri.

Dal 13 Aprile 2015 al 22 giugno 2018 è stato segretario generale della Presidenza del Consiglio dei Ministri. Nell’ottobre 2019 è stato nominato Consigliere per i rapporti parlamentari del Ministro dei beni e delle attività culturali. Nel marzo 2021 è stato confermato nell’incarico. Dal 9 ottobre 2020 è presidente del Collegio dei revisori presso il Segretario generale della Presidenza della Repubblica

E’ autore di un commento alle disposizioni concernenti l’istituzione e le funzioni dell’autorità garante della concorrenza e il mercato e in generale sull’autorità amministrative indipendenti, nel volume Diritto antitrust italiano, Zanichelli. Su alcuni aspetti dell'iter parlamentare della legge n. 93 del 1992, in materia di imprese fonografiche e riproduzioni private senza scopo di lucro, con particolare riguardo ai supporti digitali, ha svolto un intervento - concernente le forme di rappresentazione degli interessi organizzati e la relativa valutazione in sede parlamentare - al convegno organizzato in proposito presso la facoltà di giurisprudenza de1l'Università di Pavia nell'ottobre 1992, pubblicato in Annali italiani del diritto d’autore, Giuffrè, 1992.

Ha inoltre collaborato, con raccolte specifiche di legislazione e analisi di testi normativi in itinere, alle riviste Il Foro italiano e Giurispruden.a pubblicitaria, nonché alla Rivista Critica del Diritto Privato , rispettivamente in tema di autonomia universitaria, pubblicità commerciale e conflitto d'interessi tra attività imprenditoriali e cariche di Governo.